يكي از بزرگترين آثار قيام حسيني اين بود كه قيام عليه خلفا و قيام عليه اسلام را مجزا كرد. اگر امام حسين عليه يزيد قيام نمي‎كرد ممكن بود خرابكاريها و سوء سياست يزيد منجر به قيامي از طرف عناصري بشود كه به اسلام هم علاقه‎اي نداشتند. اكنون مي‎گوييم اگرچه در تاريخ اسلام قيامهاي زيادي مي‎بينيم كه عليه دستگاه خلفاست و در عين حال جنبة حمايت از اسلام را دارد (مثل قيام ايرانيان عليه امويان) ولي بايد دانست كه اين امام حسين بود كه اولين بار قيام دسته جمعي مسلحانه عليه دستگاه خلافت كرد و او بود كه حساب اسلام را از حساب متصديان امر جدا كرد بلكه راه قيام عليه دستگاه را از نظر اسلامي باز كرد و قيام آن حضرت نمونه و سرمشق ديگران قرار گرفت؛ ديگر نقش خلفا به عنوان حاميان اسلام باطل شد، اسلام در طرف مخالف قرار گرفت.